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对于平定奢安之乱的有功之臣的封赏问题，崇祯皇帝只是定下了一个大略。
除了最后确定下来的三位封给世爵的人物之外，其他有功的文官、武将、土司、士卒的封赏问题，都由李国鐠、徐光启、张惟贤三个人负责评定。
接下来的三天里，李国鐠等三人带着吏部、兵部，以及张惟贤此时负责的军机处、五军都督府有关人等，本着皇帝当日定下来的原则，将参与平定奢安之乱的有功人员共分为五等军功：
议云贵总督兼贵州巡抚朱燮元，石柱土司秦良玉，四川总兵侯良柱三人为特等；
议南京兵部左侍郎武之望，贵州总兵许成名，云南总兵林兆鼎，还有阵斩安邦彦的邓玘所部都司佥书侯天锡等四人为一等；
议贵州按察使史永安，广西巡抚李逢节，云贵总督副将罗乾象，云南副将龙在田，天策卫副指挥使刘肇基，石柱宣慰司土同知秦拱明，保靖土司彭朝柱，南京兵部员外郎陈子壮，沙溪土司罗九钟，四川副总兵邓玘，贵州副将王国祯，贵州参将赵国玺，南京京营参将汪见国，广西土司莫可及、韦昂等十五人为二等。
议贵州参政郑朝栋，四川参政徐如珂，川东兵备副使刘可训，贵州都匀知府陈熙韶，贵州参将刘养坤，石柱土守备覃克忠，云南阿迷土司普名声，贵州倮倮土司龙吉兆、水西城降将安隆及其侄子安世荣等八十九人为三等。
其余从征水西之将士，凡有斩获者，皆计斩首功，朝廷赐给土地以示嘉奖，由云贵总督府按其斩首级数择地授田。
朱燮元以特等军功，封靖南侯，免南京兵部尚书及兼领四川湖广广西等地军务，以功赐左柱国，专任云贵总督一职，并赐其老妻庄氏一品诰命夫人，赐其在乡闲居之长子举人朱兆宁绍兴府同知一职，赐其庶次子南京国子监监生朱寿益贵州开州通判。
秦良玉以特等军功封忠武侯，子孙世袭罔替，赐给原安氏水外土地一千顷，分赏石柱土司有功子弟。
侯良柱以特等军功封定彝伯，加南京左军都督府左都督，以原永宁宣抚司永宁、筠连、蔺州等地奢家土地山林一千顷，赐给侯良柱为世业，子孙世袭罔替。
南京兵部左侍郎武之望以一等军功，升任南京兵部尚书。
贵州总兵许成名以一等军功，赐平蛮将军印信封号，赐其长子许尽忠锦衣卫世袭千户之职，并赐水西安氏土司山林一千顷，永为世业。
云南总兵官林兆鼎以一等军功，赐宣威将军印信封号，改沾益州为宣威府，赐给宣威、乌撒一带土地一千顷，永为世业。
至于阵斩安邦彦而被评为一等军功的年轻人侯天锡，因为其功归给了其父侯良柱，所以在李国鐠等人议定的方案之中，只是给了一个永宁世袭指挥同知的封赏。
除了这些人，其他有功的文官武将，也都一一得到了具体的晋升或者封赏。
这次平定奢安之乱的封赏之重，在大明朝此前平定西南土司的历次叛乱之中，都是前所未见的。
三天后，崇祯皇帝拿到了内阁和军机处草拟的封赏诏书，看李国鐠等人的确是秉承了自己的意思，所以对这一个封赏的安排基本上还算满意，只对其中一些具体的细节，做出了一些调整。
而在这三天里，内阁拟定朝廷封赏旨意的过程之中，崇祯皇帝意图封赏朱燮元、秦良玉为侯，封赏侯良柱为伯的情况，也终于在朝臣之间传开了。
而传开来的后果立刻就显现出来了。
除了皇亲国戚、亲近臣子以及后宫诸位后妃的恭贺之声，以及一部分人朝臣上书歌功颂德，称赞崇祯皇帝圣天子在位贼酋授首、四海咸安之外，还有一批都察院的各道御史、六科廊的各科言官，纷纷上书议论。
而议论的焦点，与崇祯皇帝所担心的一样。
以水西安氏之土地分封有功将士，因为之前有东江镇和辽东镇的先例在，所以没有人说什么。
侯良柱因功封为定彝伯，封得奢家土地山林一千顷永为世业，也没有人多说什么。
议论或者反对的焦点有两个，其中一个正是朱燮元的功过问题。
其中，户科左都给事中魏呈润上书说：“天下亿兆生民，无论汉土彝苗，皆陛下赤子，此皇天所以托付陛下者也！奢安逆酋，犯上作乱，为祸西南，罪在不赦，然西南彝苗百姓诚无辜也！
“臣闻督臣朱燮元入贵阳以来，纵狼兵灭水东，宋氏满门无老幼尽屠之，未奉旨即断水东宋氏数百年之祀。
“及后誓师出征，不申军纪，自川东、滇北，乃至黔西黔北，所过皆焚掠，百姓山民无良莠皆以叛苗贼寨视之，以致彝苗土民伏尸遍野，奔逃无门，各部官军四出大掠，所作所为，备极残毒。
“西南百姓之祸，臣实不忍言之！臣敢问，督臣麾下所领，究竟官军也，抑或贼军也？！
“若陛下只赏其功，而不罚其过，则臣请辞户科，求归故里！”
都察院佥都御史李世祺上书说：“自来国家外夷之患，北虏为急，两粤次之，滇蜀又次之，倭寇又次之，西羌又次之。
“百余年来，朝廷御北虏有功之文臣，未有一战而封侯者，陛下以平水西之功而封侯二人、封伯一人，朝廷名爵世赏何时轻贱以至于此？
“若陛下执意此有功文臣以世爵，臣请陛下追封昔日有功于御北虏、剿倭寇、平播州之督抚文臣！”
另一个焦点是秦良玉的封侯问题。对于秦良玉以及石柱土司的功劳，没有人有异议，所有争议的火力都集中在秦良玉的苗疆女子身份之上。
一些上书果然提到了顺德夫人奢香，以奢香开辟龙场九驿之功也只是封了个顺德夫人的称号云云。
有的还说，当年以天启皇帝对客氏之宠信依赖，以魏阉、客氏之权势滔天，客氏也是封了一个奉圣夫人的名号，根本不敢奢望有世爵之赐。
如今秦良玉即使功劳再大，其以一苗疆女子，而得封忠武侯，恩遇实在太过。
有的还说，历来世爵一姓也，秦良玉姓秦，而其子石柱宣慰司宣慰使马祥麟姓马，将来忠武侯百年，其爵传给马氏，还是传给秦氏，朝廷如此荒唐，倒是岂非平添变乱，自找麻烦？！
这些御史言官的说法，并不是完全没有道理，但是在这个时候讲这些却没有多大意义。
而且对于御史言官们类似这样的弹章，崇祯皇帝当然不会去跟他们一一较真。
只要内阁诸臣达成了一致，有了内阁的副署，如今这位崇祯皇帝才不会在意一个两个或者多少个御史言官的议论。
自从如今这位崇祯皇帝理顺了大明朝堂之后，六科廊的封驳之权早就被搁置了。
过去明朝皇帝们的圣旨需要内阁起草，然后交给皇帝御览，预览过后要给六科廊审核，六科廊审核同意，再交回内阁副署，然后司礼监用印。
这一套程序走下来，每一个环节都要折腾上一段时间，即便是一路顺利，一封圣旨要想走出紫禁城，也非得十天半个月的时间不可。
而若是任何一个环节跟皇帝本人的心思不一样，或者六科与内阁以及司礼监的意见不一样，那么这个圣旨恐怕就出不了紫禁城了。
在这个一环扣一环的链条中间，最经常发生梗阻作用的，就是以各种清流自诩的年轻进士们组成的六科廊了。
而六科廊的给事中们以小制大的大杀器，就是对于圣旨的封驳之权。
他们官职不大，阅历不多，却可以封还或者驳回皇帝的圣旨，让皇帝的圣旨出不了紫禁城。
明末皇帝与朝廷文官之间的关系紧张，多半都是因为东林党人控制下的六科廊，而各种激烈的党争之所以愈演愈烈，也多半都是通过六科廊的言官们在发挥作用。
正是因为知道这一点，所以，如今这位崇祯皇帝，一上来限制了六科廊的权力，如今更是早已剥夺了六科廊的封驳之权。
如今六科廊仍然可以封还或者驳回六部明发各地的公文，但是对于皇帝的旨意，特别是对于经过内阁副署的皇帝旨意，是不允许六科廊封驳的了。
对于皇帝提议、内阁起草副署的诏书，都察院和六科廊可以讨论，可以提意见或者建议修改，但是不允许全盘否定。
毕竟这是皇帝的提议。
封驳圣旨，就是否定天子的权威，否定天子的权威，就是否定天子本身。
否定天子本身，那就是违逆天意，就是大逆不道。
如今这位崇祯皇帝就是用这个简单粗暴的逻辑，一句话剥夺了六科廊封驳圣旨的权力。