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小山村，一直以来都是世人眼中的世外桃源，山清水秀，民风淳朴。在这里，神医侠女带着她的徒弟们——娇兰、惠芝，过着与世无争的生活。然而，一场纷争却打破了这里的宁静。
在那场纷争过后，小山村的气氛变得有些微妙。娇兰和惠芝虽然都受到了不同程度的惊吓，但她们的眼神中却多了一份坚定。
清晨的阳光洒在小院里，神医侠女看着两个徒弟，轻声说道：“为师知道，你们心中对于未来都有了新的思考。”娇兰握紧了手中的剑，眼神明亮：“师父，徒儿想要让武艺更加精进，保护我们的小山村，保护身边的人。”惠芝也点头说道：“师父，我想将医术学得更好，在关键时刻能够救治更多的人。”神医侠女微微一笑，眼中满是欣慰：“好，那从今日起，你们便要更加努力。”
娇兰每日天不亮便起床，到村后的山林中练剑。剑在她的手中如蛟龙出海，气势如虹。汗水浸湿了她的衣衫，但她的眼神中没有丝毫的疲惫，只有对于武艺的执着与热爱。惠芝则是整天埋首在师父的书房中，研读那些古老的医书，有时候为了验证一个药方，她会亲自上山采药，然后在小院里进行熬制、试验。
日子一天天过去，小山村也逐渐恢复了往日的宁静。然而，这份宁静并没有持续太久。一天，一个陌生的男子来到了小山村。他身穿华丽的锦袍，身后跟着一群随从，看上去气势不凡。男子名叫慕容宇，自称是京城的富商，此次前来是为了求医。
惠芝看着慕容宇带来的病人，是一个面容憔悴的老者。经过一番诊断，惠芝发现老者患的是一种罕见的病症。她皱起眉头，陷入了沉思。娇兰则在一旁警惕地看着慕容宇等人，手中的剑始终没有离手。
神医侠女得知此事后，来到了小院。她仔细地查看了老者的病情，然后对惠芝说道：“这病症确实棘手，但也并非无药可医。”惠芝点了点头，开始与师父一起商讨治疗方案。
经过几天几夜的努力，老者的病情终于有了好转。慕容宇对神医侠女师徒三人感激涕零，他拿出了一大笔金银财宝作为酬谢，但神医侠女却婉言谢绝了：“救人本是医者的本分，这些钱财我们不需要。”慕容宇见状，便提出了一个请求：“既然如此，我想邀请各位到京城一叙，让我好好报答你们的救命之恩。”
娇兰立刻说道：“师父，京城路途遥远，而且人心复杂，我们还是不要去了。”惠芝也有些犹豫：“师父，师姐说得有道理。”神医侠女沉思片刻，说道：“既然慕容公子盛情相邀，我们若是拒绝，倒是显得有些不近人情。不过，此去京城，大家都要小心谨慎。”
于是，师徒三人跟着慕容宇踏上了前往京城的路途。一路上，娇兰始终保持着警惕，惠芝则是在马车里研读医书，为接下来可能遇到的情况做准备。
到了京城，慕容宇将他们安排在了一座豪华的府邸中。然而，他们很快就发现，事情并没有那么简单。原来，慕容宇此次邀请他们来京城，并非单纯的为了报答救命之恩，而是另有目的。
京城中，有一个神秘的组织，一直在暗中寻找神医侠女师徒三人。这个组织的首领听闻了他们的医术和武艺，想要将他们收为己用。慕容宇便是这个组织派来的诱饵。
一天夜里，师徒三人正在房间里休息，突然一群黑衣人闯进了府邸。娇兰立刻拔剑迎敌，与黑衣人展开了一场激烈的战斗。惠芝则在一旁协助师父，为受伤的人包扎治疗。
神医侠女看着眼前的混乱场面，心中明白，这是一场精心策划的阴谋。她一边与黑衣人周旋，一边思考着对策。就在这时，慕容宇出现了。他看着师徒三人，冷冷地说道：“只要你们归顺我们组织，我可以保证你们荣华富贵，否则，今天就是你们的死期。”
娇兰怒视着慕容宇：“你这个卑鄙小人，我们是不会与你同流合污的。”慕容宇冷笑一声：“既然如此，那就别怪我不客气了。”说着，他一挥手，更多的黑衣人涌了进来。
师徒三人背靠背，形成了一个防御圈。娇兰的剑在月光下闪烁着寒芒，每一剑都能准确地刺中敌人的要害。惠芝虽然武功不如师姐，但她也用手中的银针为敌人制造了不少麻烦。神医侠女则是施展着自己的医术和武功，将一个个受伤的黑衣人制服。
战斗持续了很久，师徒三人渐渐体力不支。就在他们快要支撑不住的时候，突然传来了一阵悠扬的笛声。黑衣人听到笛声后，纷纷停止了攻击，迅速撤离了现场。
师徒三人疑惑地看着四周，不知道这笛声是从何而来。这时，一个白衣男子出现在了他们面前。男子面容英俊，气质非凡，手中拿着一支玉笛。他看着师徒三人，微笑着说道：“在下楚逸尘，久闻神医侠女师徒的大名，今日特来相助。”
神医侠女拱手说道：“多谢楚公子出手相助，不知楚公子为何会出现在此地？”楚逸尘笑了笑：“实不相瞒，我一直在调查这个神秘组织，得知他们对你们不利，所以便赶来相助。”
师徒三人对楚逸尘的出现充满了感激。在楚逸尘的帮助下，他们开始调查这个神秘组织的来历和目的。经过一番努力，他们终于发现，这个神秘组织的背后，竟然是朝廷中的一位权贵。这位权贵为了满足自己的私欲，想要利用神医侠女师徒三人的医术和武艺，为自己谋取更大的利益。
得知真相后，师徒三人决定与楚逸尘一起，揭露这个权贵的阴谋。他们四处收集证据，联络各方正义之士。在他们的努力下，越来越多的人加入到了他们的阵营中。
终于，在一个阳光明媚的日子里，他们将证据呈递给了皇帝。皇帝大怒，下令将那位权贵绳之以法。神秘组织也随之土崩瓦解。
京城的危机解除后，师徒三人决定回到小山村。他们告别了楚逸尘，踏上了归程。回到小山村后，他们发现，这里的一切还是那么熟悉，那么亲切。